Чем отличается мед комиссия в военкомате в 16 и 18 лет?

По-простому:
- медосмотр в 16 нужен для первоначальной постановки на в/учет. Категория годности, выставленная в рамках данного медосмотра лишь ПРЕДВАРИТЕЛЬНАЯ. Т. е, если поставили "В" не спешите радоваться освобождению от призыва (ну или огорчиться, кому как))). Выдают приписное удостоверение, которое потребуют при поступлении в ВУЗы.
- в 18 лет уже всё по серьёзному. В рамках данного медосмотра выставляют категорию годности, по которой призывная комиссия решит пойдешь ты в армию или нет. Или дадут отсрочку по болезни, по учебе. В приписном сделают соответствующие записи или выдадут военный билет.