Почему на дне глубоких водоёмов температура воды в морозы выше нуля градусов

Ну так Земля внутри раскаленная, подогревает.
И у воды теплоемкость большая.

Земля не промерзает, в погребе тоже плюсовая даже зимой.

У воды высокая теплоёмкость а сверху у льда низкая теплопроводность. Просто не хватает времени чтобы промёрзла. А вот на севере на широтах вечной мерзлоты - намораживаются многометровые наледи.

Не успевает за зиму остыть.

Глубина промерзания в нечерноземье от 0.6 до 1.5 м от поверхности. А всё, что глубше остаётся непромёрзшим.