Чем обоснована мера налога на депозиты с вкладов свыше миллиона?

Таких держателей - около 1%.

Допустим, вклад 1 200 000 рублей.

Вклад под 5% годовых.

5% со 200 тысяч, превышающих 1 млн - это 10000 рублей в год

13% от 10000 - это 1300 рублей в год. Даже дворник платит в месяц больше НДФЛ.

Для бюджета это НИЧТО. Администрирование этого налога для банков и налоговых службы выйдет дороже, чем соберут в бюджет.