Чем манга канон отличается от аниме канона

Смотри, очень просто ваще манга канон - это манга канок, а аниме канон - это аниме канон!

Относительно какого сериала? Существут сериалы довольно близко следующие манге, на которой они основаны. А есть и те, в которых они мало чем ее напоминают.

Кто вообще выбирал лучший ответ? Ответ вообще не соответствует вопросу.
Манга канон - все просто, это те серии в аниме, которые соответствуют манге, то есть первоисточнику.
В свою очередь аниме канон - это то, что соответствует логике происходящего в самом аниме, связано с сюжетом и как то может пересекаться с событиями в манге, но не следует по сюжету манги (как пример в манге может быть 1 страница какого то события, а в аниме его разовьют и покажут на целую серию).
И кроме этого стоит еще выделять филлеры - серии которые полностью отходят от происходящего в аниме, показывая отдельные события, которые даже хронологически, зачастую, сложно вставить в сюжет, при этом и не влияют на основной сюжет, как пример - филлеры в Наруто, Бличе, где арки филлеров вставлены между основными событиями, но при этом хронологически они вставлены очень не логично (персонажи используют способности, которые получили по основному сюжету, и в филлере они не могли резко пропасть с места событий, но уже имеют эти способности, то есть события происходят в прошлом времени, но используются способности, полученные в настоящем времени).

В дополнение вот сайт, где можно посмотреть какие серии признаны филлерами, аниме канонами и манга канонами. https://www.animefillerlist.com/
Был вопрос про Боруто, в комментах вижу, вот тут именно по Боруто https://www.animefillerlist.com/shows/boruto-naruto-next-generations