Почему правильно употреблять Past simple, а не Past Progressive(Continuous) со словом Yesterday

Просто у вас неправильные объяснения.

Потому что когнитивный диссонанс возникает. С yesterday это факт из прошлого. Ну готовил и готовил. Если надо подчеркнуть, что ты этим занимался "на протяжении определенного времени", вот это время надо и указать. Кстати, Continious как и прочие времена употребляют не потому что есть какой-то маркер, а потому что хотят сделать упор на конкретную мысль. Я в этот момент был занят - готовил суп. Или ответить на вопрос - чем ты занимался с 12 до часу, например. А маркеры лишь помогают осознать подходящую ситуацию для конкретного времени. Это просто костыли для начинающих, пока не начал чувствовать язык нутром.

Почитай вот это. Поймёшь.
The past simple tense usage.
1. Прошедшее действие с прямым или косвенным указанием времени. Yesterday, last week, an hour ago, the other day, on Monday, in 1995, during the war, in Warsaw. He came yesterday. Он прибыл вчера. The lesson started 10 minutes ago. Урок начался десять минут назад.
2. Последовательность прошедших действий. He left the hotel, took a taxi and drove to the theatre. Он вышел из гостиницы, взял такси и поехал в театр.
3. Обычное повторяющееся прошлое действие. Last year I often went to the cinema. В прошлом году я часто ходил в кино.
4. Прошлое состояние. I lived in Poland for 5 years. Я жил в Польше пять лет.
5. Будущее гипотетическое действие в условных предложениях. If you went there tomorrow, you would see him. Если бы ты пошёл туда завтра, ты бы его увидел.
6. Настоящее гипотетическое действие или состояние в условных предложениях. If you went there every day, you would see him. Ходил бы ты туда каждый день – ты бы видел его.
7. Просьбы, пожелания, сожаления, начинающиеся с I would rather/sooner/prefer that, if only, I wish. I wish I didn’t have to work. Жаль, что мне приходится работать. If only you spoke Italian. Если бы только вы говорили по-итальянски. I would rather that it were summer now. Жаль, что сейчас не лето.
The Past Continuous Tense usage.
1. Действие, происходившее в определённый момент в прошлом. Момент задаётся:
a) непосредственно at 5 o’clock, at noon. I was having my lunch at that moment. В тот момент я завтракал.
b) косвенно другим событием, выраженным в past simple. I was walking when I saw the accident. Я гулял, когда увидел аварию.
c) контекстом. It was evening. I was watching TV, my father was reading a newspaper. Вечерело. Я смотрел телевизор, отец читал газету.
2. Длительное действие в прошедшем интервале времени. In June I was learning to drive. В июне я учился вождению.
3. Вместо Past Simple для подчёркивания длительности действия. I was reading all day yesterday. Вчера я читал весь день. (Подчёркивается длительность). I read all day yesterday. Вчера весь день я читал. (Важен вид деятельности).
4. Критикуемые повторяющиеся действия в прошлом. When Pete was younger he was always getting into trouble. Когда Пит был моложе, он вечно попадал в переплёты.
5. Вежливые или неуверенные высказывания с глаголами think, hope, assume, wonder. I was hoping you would join us. Я надеялся, вы к нам присоединитесь.
6. Запланированные прошлые действия. I was flying to Paris the next day. На следующий день я уже вылетал в Париж.
7. Намерения в прошлом. I was going to buy a computer. Я собирался купить компьютер.

Можно и Past Continuous, если по смыслу необходимо именно это время.
I was cooking dinner at 3 o'clock yesterday.
I was cooking dinner yesterday when my brother called.