Если вы не против, то хочу ответить не по вашим пунктам, а развернуто, так как предполагаю, что вы выбираете страну для посещения. Прежде всего, это принципиально разные страны, несмотря на внешнюю похожесть.
Малайзия - очень самобытная и экзотическая для нас, прежде всего из-за религии и культуру. Это мусульманская страна, но в то же время там много буддистских храмов, индуистских.
Филиппины напротив по культуре и религии ничем не удивляет. Это христианская страна, и там ничего особо интересного и экзотического в этом плане нет. Зато что касается природы, и особенно подводного мира, тут Филиппины конечно очень экзотическая страна.
По климату и погоде мало чем отличаются, и в море (океан) тоже разницы в температуре вряд ли ощутите. Но на Филиппинах часто бывают тайфуны и тропические штормы, и это проблема.
Цитата: Но что совсем уж плохо в период с июня по декабрь - тропические штормы, которые иногда переходят в тайфуны в разрушительные тайфуны с разрушениями и жертвами. Для примера, в 2019 году было 27 тропических штормов, 17 тайфунов, и 10 мощных тайфунов с жертвами и разрушениями (
https://nashaplaneta.net/asia/philippines/art-sezony-na-philippinah)