В результате активной обработки почвы и внесения минеральных удобрений может наступить снижение запасов гумуса.

Главным требованием оптимального баланса гумуса для всех почв является, прежде всего, достаточное возвращение азота с удобрениями. Ведь около 60% азота растения берут из гумуса, независимо от уровня поступления его с минеральными удобрениями.

Невозврат питательных веществ вызывает процессы минерализации: разрушение гуминовых соединений связано с мобилизацией азота из почвенного гумуса. Эти мобилизационные потери являются нежелательным явлением с почвозащитной точки зрения. Установлено, что одностороннее внесение азотных удобрений активизирует процессы декальцинации и дегумификации почвы, что в свою очередь ведет к ее деградации.

Особого внимания требует проблема обеднения пахотного слоя почв кальцием и магнием: это касается как плодородных черноземов, так и бедных почв. На разных типах почв внесение минеральных удобрений усиливает потери названных основ на 12-34%. В то же время ухудшаются их физические и физико-химические свойства, в частности происходит подкисление пахотного слоя, а поэтому возникают проблемы со стабильностью уровня гумуса.

Регулярное использование минеральных удобрений ведет к ослаблению связи с кальцинированными гумусовыми кислотами, что приводит к изменению химической структуры молекулы, к ее большей доступности для микроорганизмов, усилению подвижности и минерализации гумусовых составляющих.