Было ли в Российской Империи имя «Иван», и если было, то почему у дочерей царя Ивана V было отчество «Иоанновны»?

В средние века и эпоху Возрождения во многих странах существовала традиция двойных имен -- "официальное" имя писалось и произносилось на латинский или греческий манер, а неформальное -- в соответствии с местной традицией. Например, скрипичный мастер Антонио Страдивари подписывал свои скрипки "Антониус Страдивариус". Английский король Чарльз в документах на латинском языке именовался "Каролус". Это даже до России докатилось -- известен указ царя Алексея Михайловича: "аглицкие немцы свово короля Каролуса до смерти убили..."

В России тоже без этого не обошлось. Но с приколом: от греческих имен отрывался последний слог "ес" или "ос". Соответственно, Иоаннес превратился в Иоанна, Петрос -- в Петра, Александрос -- в Александра...