Хватит ли двух аккумуляторов на 6 часов съемки для Nikon d5300?

Фотосъемки - да (если только не строчить серии все 6 часов без передыху). Видеосъёмки - нет.

Прежде всего, нужно знать, что ты будешь снимать и какие потребители электроэнергии в аппарате ты будешь использовать (скажем, дисплей, встроенную вспышку и др.).
И вообще - работоспособность батареи не стоит измерять с единицах времени, а исключительно в количестве доступных снимков и длительности доступного видео определённого качества.

Двух должно хватать на целый день.

Зависит от того, как будете снимать. Если будете пользоваться в помещении внешней вспышкой (надеюсь, что не путаете со встроенной), будете при съёмке пользоваться видоискателем (а не дисплеем), минимальный просмотр на дисплее (он "кушает" больше всего энергии), то должно хватить. Для коммерческой съёмки докупите третий аккумулятор, так, на всякий случай.
Это всё про ФОТО.

...скорее всего нет... докупите бустер... например старый D90 раза в 3 дольше держался чем 5300

=== Есть ли смысл брать третью батарейку? ===
Не стоит.
А стоит брать с собой 10 повербанков для резерва питания.

В первую очередь зависит от степени их дохлости и сколько ты будешь щелкать плюс использование внутренней вспышки сильно их садит. На видео конечно же не хватит. Но если ты возьмешь с собой зарядное, то конечно хватит. Надеюсь 6 часов ты не будешь же бегать где то на улице постоянно. В любом помещении подзарядишь.