Какими латинскими буквами лучше всего нашу букву "Я" написать, тчоб понятно было? "ja", или еще как-то?

ya или ja.

Опять же смотря кому понятно. "Ya" скорее всего поймут большинство. Видимо поэтому такое соответствие и установлено.

Ja - именно так записывается местоимение "я" во многих славянских языках, пользующихся латиницей... и даже в кириллице так пишется у некоторых. У них в кириллице нет буквы Я, и этот звук всгда записывается с помощью двух - ja (в сербском, македонском.... )
Также во многих языках J - это именно Й (а не ж, х, дж и т. п)