Можно ли разрешать приложению вносить изменения на устройстве?

Лучше не надо.

Можно.
Нужно ли?! Вам решать.

Зависит от приложения
В любом случае если не разрешить - установка\запуск прекратится!

приложение без троянов но скачает кучу реклманых приложений .