Есть ли разница в качестве звучания - подключать гарнитуру в переднюю панель на корпусе или сзади в мат. плату?

Для бюджетной ( встроенного чипа) - чаще никакой разницы.
Для дискретной - могут отличатся, т. к. передняя идет через встроенный чип на плате, а задние порты от дискретной.

если звуковуха одна то нет

В теории - лучше в материнку. Меньше промежуточных элементов (на передние выходы - это через разводку на материнке до контакта передней панели, потом переходник, потом провода до передней панели, потом ее разьемы).
На практике - разницы особо нету, если только материнку проектировал не наркоман, а корпус не лепили из жестяных банок.

Разницы нет.