почему в русском языке почти всегда используется "Е", когда произносится звук "Э"?

Буквами "е" и "э" обозначается один и тот же гласный
звук [e], разница лишь в качестве предшествующего
согласного (мягкий или твёрдый) . Перед "э" произношение
только твёрдое, а перед "е" возможны оба варианта.

В исконно русских, а также давно "обрусевших" словах
закрепилось мягкое произношение согласных перед "е":
[б'е] лый, со [п'е] ть, та [р'е] лка, впол [н'е] и т. п. В заимствованных
словах идёт процесс постепенного перехода от твёрдого
произношения к мягкому: ака [де] мия -> ака [д'е] мия, к [ре] м ->
к [р'е] м и т. п. Многие слова обнаруживают колебания в
произношении, например, ши [не] ль и ши [н'е] ль.

В такой ситуации орфография не смогла бы поспеть
за быстро меняющимся произношением и сейчас вполне
разумно никак не обозначать на письме твёрдость/мягкость
согласных перед "е".

"Э" традиционно употребляется лишь для обозначения
нейотированного звука [e] в начале слова и в очень небольшой
группе заимствованных слов: мэр, пэр, сэр, бэр, пленэр, рэкет,
а также словах с корнем "аэр-" и именах собственных.