Оценка при защите диплома. На что влияет

Не будет. Никакого смысла. Ну разве что будущие работодатели будут знать что ты все таки разбираешься в том, чему учили, а не просто получил формальный зачет.

троек вообще не должно быть для красного диплома, если в магистратуру не пойдете то и нет смысла корячиться, а если пойдете то да ради рекомендации, но от нее тоже особо толка нет, только если будете пытаться на бюджет поступать - сдаете рекомендацию перед сдачей экзаменов в приемную комиссию для начисления доп баллов, если речь идет о дипломе бакалавра