Самый простой способ – просто добавить отдельную папку для игры в настройках профиля версии:

Так придётся сделать с каждой версией, которую нужно установить отдельно от остальных. У неё будут свои пакеты ресурсов, модов и шейдеров (если установлен соответствующий мод), а так же отдельные от остальных миры и скриншоты. В общем, это как отдельный майнкрафт в папке.
Но этот способ подходит только для лицензионного лаунчера. Если же у вас пиратский, придётся выкручиваться теми способами, которые предоставляет лаунчер. Например, Tlauncher Legacy имеет для этого в свих настройках пункт "отдельные подпапки для разных версий":

Также существует удобная программа
MultiMC, специально созданная для таких целей. Она довольно популярна, но лично я ей не пользовался, поэтому не могу её рекомендовать.