Можно ли в папке MODS игры симс 4 моды складывать в отдельные папки чтоб не путать где какой файл за какой мод отвечает?

Можно, но помните, что сценарные моды нельзя убирать глубоко. Если файлы одежды, причесок, косметики и прочие "дополнительные материалы" можно убирать в подпапки и третьего, и, вероятно, четвертого уровня, то файлы сценарных модов читаются только в подпапках первого уровня (создаете в папке Модс нужную подпапку - и сразу в ней должны дежать файлы. Если в этой папке будет другая папка, а уже в ней файлы сценарного мода, работать этот мод не будет).