Как в phpmyadmin сделать что бы id начиналось с 1

UPDATE `ID_Org`
SET id=1
order by id desc limit 1

Выбрать таблицу, открыть операции, изменить AUTO_INCREMENT на 5 (следующая запись будет с ID=5)

Самым простым будет удалить id поле и заново его создать. Тогда у тебя будут идти по порядку. когда удаляешь, auto increment = 1

Как правило редактировать внешние ключи и автоинкрементируемые идентификаторы - плохая затея. Они обычно не служат для отображения где-то и не нуждаются в редактировании. Если у вас где-то должен отображаться идентификатор и он всегда должен идти по порядку, лучше завести рядом дополнительное поле с индексом и его уже крутить-вертеть как душе угодно