-Почему, когда мальчика называют в честь его отца, они говорят «младший» ?

отец - например, Иван... сын - тоже Иван.. фамилия у них одинаковая, имя тоже... отчество не всегда используется.. как определить- кто из Сидорова Ивана сын, а кто отец? по старшинству.. отец-Иван-старший, сын- Иван младший

Много будешь знать...

Это больше европейская/американская традиция.
Мальчик считается продолжателем рода. Раньше в любой семье должен был быть мальчик чтобы вести родословную дальше. Мальчики не меняют фамилии, а девочки вынуждены менять при замужестве. Поэтому девочки не в счёт.

Что бы отличать. Вот зовут например человека Сергей, но память на имена у него плохая и он всем имена меняет на Сергей. Сам Сергей, сын Сергей, дочь Сергей и жена Сергей. Крикет Сергей а какой откликнется? Вот поэтому младший средний, жена младшая жена, тфу ну в общем понятно.

И девочку могут называть младшей

Вы, в порядке исключения, можете называть сына Великий, а дочь - Прекрасная. И еще масса вариантов. Законом утвержденных слов для таких случаев не существует.

помню только добавляли Джуниор, а про всех родаков говорят - ОлдЫ