Не засчитали дни учебного отпуска

К сожалению, не могут. Обязаны учебный отпуск предоставить не смотря на то, что вы не нашли времни предоставить документы и написать заявление.

Ну если он вам вообще положен, то отказать не могут.

отпуск предоставить должны учебный и основной. Причём все эти дни считаются только по принципу сложения. То есть "не поглощаются один другим". Полностью дни одного отпуска и полностью дни другого отпуска должны быть вами использованы.

Согласно ч. 4 ст. 177 ТК РФ, п. 1 Приказа Минобразования РФ от 13.05.2003 N 2057, п. 1 Приказа Минобразования РФ от 17.12.2002 N 4426, справка-вызов является документом, дающим право на предоставление гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с получением образования. Учебный отпуск должен быть оформлен до его начала на основании заявления работника и справки-вызова. При этом Трудовой кодекс РФ не устанавливает срок, в течение которого сотрудник обязан предупреждать работодателя об учебном отпуске. Вместе с тем, необходимо учитывать, что работодатель при предоставлении оплачиваемого отпуска связан минимальным трехдневным сроком выплаты отпускных (ч. 9 ст. 136 ТК РФ). ----Если сотрудник несвоевременно предоставил работодателю заявление о предоставлении учебного отпуска и справку-вызов, то отказывать ему в предоставлении и оплате такого отпуска работодатель не вправе. ----