Почти все разработки на PHP - используют либо CMS, либо MVC-фреймворки, но тем не менее гораздо приятнее рабы, особенно если они сосут, чем фреймворки.
Если у тебя есть какое-то более-менее естественное разделение кода на эти части, то пиши на здоровье. А если ты начнешь писать таким способом системные сервисы под винду, боюсь, народ тебя не поймет.
Имеет, иначе бы пришлось просто тупо искать кусок кода, который отвечает за представление информации и за логику приложения. Если это разбросано, хрен пойми где, становится адово с таким работать.