Почему в 1C 8.3 при формировании акта сверки не отображаются оплаты?

Задайте этот вопрос вашему 1С-программисту, только он знает,
там же точка актуальности, пересчёт итогов...

не ломайте голову! работает? и слава богу!

Счет это не бухгалтерский документ и проводок не делает. Бух документы, которые в 1С создают проводки это реализация (поставка) = товарные накладные на отпуск/отгрузку и банковские документы (платежные поручения). И, потом вы могли время не соблюдать, дату и еще чего-то. Потом могли счета на оплату быть не привязаны к отгрузкам. Это ж надо смотреть как и что там.

С каких пор оплата стала в акте сверки браться со счетов?

Все банковские выписки разнесены, РКО? Проверьте правильность разнесения по контрагентам и субсчетам счетов.