В чем разница? Блокировать файлы куки сторонних сайтов в режиме инкогнито или блокировать сторонние файлы куки?

Блокировать сторонние файлы куки либо Заблокировать все файлы cookie .Но последний вариант может иногда вызывать проблемы, например в программе Lightshot нельзя будет галерею открыть, будешь ломать голову из-за чего, а это именно из-за полной блокировки cookie. Может ещё в каких-то программах, которые открывают что-то в браузере, отчёт какой-нибудь и пр. . Хотя в любой момент можно сделать сброс настроек браузера . Так что не стоит этого бояться