Заглушка материнской карты очень выпирает

корпус может говняный

Так и должно быть. Со временем утрясётся.

Оно тебе мешает? Все равно навтыкаешь всё, что понадобится. И это "всё" тоже будет выпирать.

там не все усики должны упираться. Есть некоторые из них, которые не упираются в порты, а сбоку (сверху) от них заводятся.

Мешающие можно и вовсе отломать, на работу платы это не скажется вообще.

У меня ощущение, что косяк где-то в области дисплей-порта. Отогни оттуда мешающее ушко нахрен в сторону.

язычки подобные таким вообще должны не зажиматься разъемом, а быть взведены вверх, чтоб при установки платы разъем "нырял" под них как под козырек.

на заглушке один ус сложился пополам, снимай и делай по новой внимательно