Если вы уверены, что хорошо покрыли крышу, то скорее всего проблема в водосточной системе - вода застаивается на крыше и ей деваться некуда кроме того как протекать в любые самые малейшие зазоры в профнастиле. Рекомендую присмотреть водосточную систему на
https://www.metallocherepica.moscow/ я там себе брал.