Можно ли оставить разгон видеокарты, но при этом не включать msi afterburner?

на ней майнить нада а не играть

нет, либо что то искать в замену автобёрнеру) (зачем тебе с такой ведюхой разгон?)))))

Можно на nVIDIA программой EVGA Precision X

Ну не желательно по моему

Нет, если программа не запущена, то и никакие настройки сделанные в ней не будут применены. Это можно было сделать на старых видеокартах путем прошивки BIOS, но начиная с Pascal (GTX 1000) BIOS на картах зашифрован и его невозможно изменить.
Не вижу никакой проблемы в том, что-бы программа была запущена.

Оверлей отключи для данной игры, с которой конфликтует.

насколько я помню разгон не слетает до следующей перезагрузки