Здравствуйте, где должны хранится должностные
инструкции (в личном деле или отдельной папке)?

в отдельной папке - как утвержденная форма инструкции, а второй экземпляр с подписью работника что ознакомлен в личном деле, 3-ий экземпляр на руки работнику с его же подписью

как правило инструкции в 2 х экземлярах- 1 экз хранится в ОТиЗе-отдел труда или за не именеем отдела в Отделе кадров2 экз. под роспись выдается сотруднику занимающего эту должность.

Должностные инструкции если по правилам, то на каждую должность должна быть одна инструкция и когда работник принимается на работу его знакомят с данной инструкцией, но на практике это выглядет так: на каждого работника составляется должнастная инструкция, которая хранится в личном деле.

копия у меня и копия в кадрах в моей личной папке в шкафу

Возможны оба варианта, если в организации несколько работников на одной должности - то удобнее в отдельной папке