Как в paint net заменить цвет одних пикселей на другие?

Волшебная палочка, задаем небольшой допуск (так называемую «чувствительность»), заполнение глобальное. Жмем на пиксель нужного цвета. Выделяются все пиксели этого цвета на слое или изображении (в зависимости от того, как настроена «Выборка»). Затем берем заливку, выбираем нужный цвет и льем в выделение.