Обязан ли пассажир нижней полки в поезде уступать место верхнему пассажиру?

Не обязан. По российским правилам перевозок "каждый пассажир имеет право при наличии проездного документа (билета) занимать место, указанное в его проездном документе (билете), при проезде в поезде дальнего следования и пригородного сообщения с указанием мест". Никаких предложения об изменениях пока не приняты. Поэтому требовать уступить кому-то его место нельзя, можно только вежливо попросить. А если он не хочет, то это проблемы пассажира, заплатившего за верхнюю полку, а не за нижнюю. И уметь договариваться нужно верхнему, раз он хочет получить в качестве любезности то, что ему по закону не положено.