Как возместить убытки с самозянатого. Рабочие которого некачественно отработали?

Погодите, вас не должно касаться, как он перед налоговой отчитывается. Самозанятый не пишет в договоре свой статус. Одновременно и ИП и самозанятость, вроде как не работает.
А к ответственности привлечь согласно договора. Там расписаны права и обязанности независимо от статуса.