IndexError: list index out of range Python

matrix1 и matrix - это один и тот же объект
изменяя один, изменяется другой
вы удаляете элементы в цикле
так делать нельзя
делайте копию матрицы

 a1 = [1,2,3] 
a2 = a1.copy()
del a1[0] 
print(a1) 
print(a2)