Никакая это не фитофтора.
Сморщились потому, что плоды при хранении потеряли много влаги.
Оптимальная влажность в помещении — 85-90%. При уменьшении ее большая вероятность, что будут сохнуть, при увеличении — гнить.
При сборе томатов необходимо снимать их так, чтобы оставалась плодоножка. Именно томаты без плодоножки быстрее теряют влагу.
То, что появились черные пятна - тоже никакого отношения у фитофторе не имеет... фитофтора выглядит совершенно иначе.
Это гниль. Такие плоды при хранении надо вовремя убирать от здоровых.
Подробнее о сборе помидоров осенью и дальнейшем хранении
https://biznessrussia.ru/sad-i-ogorod/pochemu-pomidory-smorschivayutsya-pri-dozarivanii.html