Почему кофеин так называется?

Кофеин открыл в 1819 году и дал ему название немецкий химик Фердинанд Рунге

Не нравится, переименуй.

Открывший его химик получил это соединение непосредственно из кофе.
Суффикс - ин — окончание для названий соединений ацетиленового ряда с тройной связью, например: этин НС≡СН

вообще-то кофейные зерна....

а как его назвать? правильно бы звучало кофеон

из-за бобов растения кофе

В 1827 году М. Удри (англ. M. Oudry) выделил из чайных листьев новый алкалоид и назвал его теином. В 1838 году Иобст и Г. Я. Мульдер доказали тождественность теина и кофеина.