Как сделать так чтобы вводить sql запрос в консоль Java именно в консоль а не в код

и что мешает запросить ввод? но тут надо что бы приложение было консольным

Примерно так:

 import java.util.Scanner;
...
Scanner scan = new Scanner(System.in);
while(!условие выхода) {
  String sqlstr = scan.next();
} 

и дальше уже содержимое строки sqlstr при каждом изменении либо напрямую передавать в СУБД, либо как-то обрабатывать, проверять предварительно.
И тут уже можно хоть руками, хоть из файла на 1000000 строк данные передавать. Но для миллиона строк Scanner надо будет менять на более производительный способ.

а зачем для этого целая программа?
ведь в зависимости от введённого запроса, код для обработки результата может потребоваться совсем разный...
чё за проблему вы решаете?