Если это перцы не больные грибковыми или другими заболеваниями, а испортились по причине, к примеру, длительного хранения, то можно их закладывать в компост.
А, если плоды были больными,
то компост будет заражен болезнетворными организмами.
В этом случае, чтобы обезвредить компост, необходимо организовать "горячее компостирование" с температурой внутри компоста выше 60гр. Высокие температуры убивают вредные патогены, которые впоследствии могут вызывать болезни растений.
Такую температуру в компосте получают за счет регулярного перемешивания и правильно подобранных компонентов компоста.