Объясните в чем разница?

Заведующий магазином - Организация торгового процесса. Подбор, обучение и управление персоналом магазина. Заказ и прием товара. Проведение инвентаризации.

Директор магазина - взаимодействие с проверяющими и контролирующими органами; ведение отчетности и анализ плановых показателей магазина; контроль заказов, приемки, списания и сроков годности товаров, планирование товарных запасов и ротация; участие в локальных и плановых инвентаризациях.

Теперь думайте

Директор -- руководитель юрлица. Заведующий -- управляющий в одном из магазинов юрлица.

Грубо говоря, разница в размерах магазина. В крупной торговой точке, например в супермаркете, может быть директор и отдельно заведующие отделами (промтоварным, продуктовым и т.д.). В небольшой торговой лавчонке, достаточно должности заведующего. А директор, как уже сказали, руководит сетью из нескольких мелких магазинов.
То есть, все определяется величиной материальной ответственности, по сути. Устроится ты можешь кем угодно. Если твоя кандидатура устроит работодателя.

Разницы никакой, это одна и та же должность. В разных сетях называют по-разному, ничего более