Холодный воздух находится внизу - поэтому нижний кулер (в передней части системника) должен всасывать внутрь, как пылесос, или как форточный вентилятор, из холодной улицы в тёплую комнату. Боковой вентилятор (при его наличии) работает аналогично, и тоже должен всасывать холодный воздух для охлаждения процессора.
Горячий воздух находится вверху - поэтому верхний кулер должен вытягивать наружу, как кухонная вентиляция (из кухни в вентиляционную вытяжку), или выдувать, как из выходного отверстия пылесоса.
Нижний это какой, в БП что ли? БП танет воздух внутрь БП, из щели между дном корпуса и столом, т.е. снаружи. Но вааще, мона сделать как душе угодно. Просто надо определиться со схемой циркуляции, и поставить вертушки соотвественно. Класссика жанра снизу и с фасада забор, сзади и сверху выброс.