Когда Minecraft запущен в полноэкранном режиме, он, как и все программы в режиме отображения на весь экран, перекрывает собой все другие элементы системы. К счастью, существуют модификации, которые позволяют менять режим отображения окна игры на безрамочный — особый режим, когда у окна скрывается рамка и заголовок, а само оно накладывается как бы на весь экран, при этом всё ещё оставаясь обычным окном. Этот режим исправляет многие проблемы, в том числе, и скрытые плавающие окна.
Для актуальных версий игры используется мод
Borderless Mining .