UTF 8-files with NO BOM, with BOM что это

Ни в чем.

BOM - byte order mark, последовательность символов, позволяющий среде разработки автоматически определять кодировку и порядок следования (big endian / little endian) байт, вставляющаяся в начало файла с исходным кодом.

По теме, в чем для вас разница - не задавайтесь теми вопросами, которые непосредственно не касаются процесса разработки; когда столкнетесь с проблемами при реальном использовании, тогда и будете задумываться об используемой кодировке. Большая часть визуальных средств разработки для питона выберут правильную кодировку и без БОМа.