Как представить набор div элементов массивом js

querySelectorAll('div')...
Насколько помню это и даст массив div элементов
Но удаляются элементы вовсе не через массив, а через DOM-дерево

Ты покажи код HTML и отметь, что нужно удалить. Тут миллион вариантов от банальной выборки с помощью функции nth-child, которую поддерживает js, до такой же банальной фильтрации с минус один и/или конструкцией if else.
А преобразовать в массив элементы очень легко, нужно просто использовать спреад ([...elements]) или Array.from(elements)... только что тебе это даст, если тот же forEach, которого более чем хватает для перебора элементов, поддерживает node-коллекции. Да и for обычный тоже... но из твоего примера кода мало что понятно.

Например, есть такое DOM-дерево...

 
 
   
Текст 1
 
   
Текст 2
 
   
Текст 3
 
   
Текст 4
 
   
Текст 5
 
 

Проходимся обратным циклом по всем элементам до -1 и удаляем...

 let element = document.querySelectorAll('.div-container > div') 
 
for (let i = element.length-1; 0 < i; i--) { 
   element[i].remove(); 
} 

В итоге останется только самый первый элемент в коллекции.

       
 
        
 
          
 
            
1
 
            Привет 
          
 
        
 
        
 
          
 
            Privet 
             
              
                width="18" 
                height="18" 
                viewBox="0 0 18 18" 
                fill="none" 
                xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" 
              > 
               
             
          
 
        
 
      
 

 document.querySelectorAll('.table div *').forEach(e => e.remove());