Как происходит подсчет баллов ЕГЭ при поступлении в ВУЗ

Очевидно же - только три предмета ЕГЭ нужны для поступления!

Из суммы твоих баллов ЕГЭ вычитают тот предмет, который ты выбрал и добавляют сколько ты набрал на вступительных испытаниях.

Например. Я сдавал ЕГЭ по Физике, Математике и Русскому языку. Я выбрал Физику на вступительные испытания. Сумма баллов за все три ЕГЭ была 250. Вычитаем физику и получаем 179 баллов. Я сдаю вступительный экзамен на 81 балл. Суммируем 179+81. Получаем 260 баллов. Именно столько баллов будет зачтено мне при поступлении.

Поэтому советуют выбирать тот предмет, либо который хорошо знаешь, либо тот где за ЕГЭ набрал меньше баллов.

Считают три предмета.
В вашем случае русский и математика обязательно.
С третьим ситуация такая - вы можете выбрать физику или информатику, сдать выбранный предмет и вам засчитают баллы по русскому, математике и этому предмету.
Если вы захотите сдать и физику, и информатику, то у вас будет выбор, какой именно предмет указать в заявлении. Очевидно, что укажете тот, по которому баллов будет больше.
Порядковые номера предметов в списке на сайте - это приоритетность предмета, которая учитывается при равенстве суммы баллов у двух абитуриентов.
Например, у Васи и у Пети за три предмета 240 баллов, но у Васи по математике 82, а у Пети 78 - Вася в рейтинге выше. Если у Васи 82 и у Пети 82, то тогда сравниваем баллы по информатике.