Откуда взялось чередование -и- и -е- в корнях, вроде бир, бер?

Чередование гласных звуков в корнях слов - это результат фонетических изменений, которые произошли в истории языка. В данном случае, чередование -и- и -е- в корнях слов типа "бир" и "бер" является результатом так называемого ять-ер-процесса, который происходил в древнерусском языке в X-XI веках.

В этот период времени произошли значительные изменения в звуковой системе языка, включая такие фонетические процессы, как удлинение гласных звуков и смещение акцента. Одним из результатов этих изменений было появление в языке двух гласных звуков - "и" и "е", которые начали чередоваться в корнях слов, в зависимости от грамматических окончаний.

Например, в слове "бир" корень заканчивается на гласный звук "и", а в слове "бер" - на гласный звук "е". При изменении слов по падежам и числам, окончания добавлялись к корню, и в зависимости от этого корень мог изменяться.

В результате таких изменений произошло чередование гласных звуков в корнях многих слов русского языка. Такой фонетический процесс характерен для многих языков, и нередко является одним из основных способов образования слов в языке.

Из языка, вестимо. И это не чередование (вроде чехарды в ваших головах), а строгий порядок.