Имеет право директор оштрафовать бухгалтера за беспорядок на рабочем столе, если месяцами не наводится уборка стола?

Штраф=Доход. Уборка=Работа. Оплачиваемая про прейскуранту работ?
Штраф за неуплату налогов с юрлица при получении прибыли штрафом. и понеслось. пусть сам всё делает. Бухгалтер пусть ТОЛЬКО бух.работу выполняет. Без уведомлений о том что фирма чтото должна или ей чтото грозит. Пусть безопасность выясняет что фирме там по закону грозит. зачем бух?

Не имеет. Штрафование работника другим работником или работодателем в РФ противозаконно. Штрафы на граждан могут накладывать только органы исполнительной и судебной власти.

Другое дело, что у серых работодателей "штрафом" принято называть депремирование или удержание чёрной части зарплаты. Формально это штрафом не является. Хотя серая или чёрная зарплата - это само по себе противозаконно.

Кстати, бухгалтер, не знающий подобных вещей - профнепригоден.

Именно за беспорядок нет, а за невыполнение трудовой дисциплины вполне имеет право.

любые штрафы в принципе незаконны.

В ТК РФ нет понятия "штраф". Работодатель вообще никого не имеет права штрафовать, а бухгалтер, который этого не знает - профнепригоден. Ну, и никого не касается, что у кого на столе рабочем делается, если это не мешает окружающим, не воняет и тараканы там не бегают толпами.