В произведение "Мастер и Маргарита", почему умерло 3 героя?

Воланд с помощью свиты наказывает людей только за серьезные пороки и
наказание выбирает соответственно грехам или преступлениям.

Первый -- это Берлиоз, который погибает в самом начале романа под колесами трамвая. Председатель правления МАССОЛИТа, Берлиоз олицетворяет собой ту несвободу, которая была присуща этой организации.

Мастер проявил слабость, малодушие-сжег свой недописанный роман, а Маргарита, во имя спасения Мастера продала душу дьяволу (см. бал у сатаны).
Мастер получает телесно-душевный, а не божественный покой.
Зачем Мастеру сохранять творческие силы, если никто не прочитает его произведений? Для кого писать?
Поэтому, Мастер и Маргарита не заслужили рая, но избежали ада, получив покой.

Пострадал и Иван Бездомный -- за то, что подчинился Берлиозу и пишет на заказ, отказавшись от правды в своем творчестве. Правда, в финале Иван находит свой истинный путь.

Лиходеев, директор Варьете, наказан за пьянство и любовь к увеселениям, он отправлен в Ялту, где ждет его печальный конец.

Председатель жилтоварищества Босой -- взяточник, в чем сам и признается. Его арестовывают за валютные махинации, так как рубли, которыми он брал взятки, обернулись в доллары.

Администратор варьете Варенуха проходит "перевоспитание" за лживость и хамство и становится невероятно вежливым и отзывчивым.

Семплеяров также привлекает внимание свиты Воланда -- из театрального чиновника он становится заведующим грибозаготовительным пунктом за чрезмерную любовь и сомнительное покровительство хорошеньким девицам.

Могарыч донес на Мастера, чтобы получить его жилплощадь -- в итоге он изгнан в беспамятстве с этой самой жилплощади.

Прохор Петрович, председатель комиссии, за бездушие, грубость и бюрократизм превращен Воландом в говорящий костюм.

Соков -- буфетчик-мошенник, обманывающий клиентов, умирает от рака печени.

Николай Иваныч, сосед Маргариты, за распутство обращается в борова, на котором Маргарита прибывает на бал.

Наказаны и жадные зрители варьете -- дамы, похватавшие наряды, внезапно оказываются голыми на людях, наряды исчезают, а деньги превращаются в бумажки.

Майгеля наказали за то, что он, будучи бароном, остался в СССР и стал сотрудничать с НКВД. Пользуясь своим происхождением, он располагал к себе клиентов-иностранцев, и сведения, добытые таким способом, сообщал в соответствующий комитет. Работал в должности ознакомителя иностранцев с достопримечательностями столицы. Предложил свои услуги и "артисту Воланду".
Иуду и Майгеля за предательство настигает смерть. Иуда был наказан за свою огромную страсть к деньгам и за предательство.
Иуда за деньги задал Иешуау провокационный вопрос и, не ведая того, предал учителя, в наказание был убит в Гефсиманском саду.
Могарыч же выброшен в одних подштанниках из Москвы Воландом, почти так же, как ранее Степа Лиходеев - в поезд, идущий в Вятку (временной знак - в 1934 г. Вятку переименовали в Киров, но, хотя сцена с Могарычем писалась в конце 30-х годов, автор М. и М. оставил прежнее название, подчеркивая тем самым, что действие происходит до 1934 г.). Однако Алоизий благополучно возвращается и возобновляет свою деятельность, заменив Римского на посту финансового директора Театра Варьете.
Современный мир сатана исправить не в силах, это могут попытаться сделать только сами люди, в которых Воланд лишь обнажает существующие пороки, роднящие их с миром потусторонних сил.
Воланд выявляет людские пороки, иногда сам провоцируя, но при этом он справедлив и не жесток. В какой-то мере наказания выбираются с юмором, ни одно из них не постигло человека незаслуженно.