Что за папка "Temp", и можно ли её очистить, если да то как это будет влиять на систему?

Чистить можно всё и все.
Возможно, будет предупреждение, что очистить нельзя. Это для активных процессов, хранящих свой хлам в этой папке.
Типа, открытого браузера.