Автокад, сделал чертеж и применил выдавливание, но в 3д модели сквозные отверстия, как их замкнуть?

Сорри, автокад едва знаю, но вот в Максе существует функция CAPSHOLE для заращивания глючных дырок после избыточного вычитания.
Поищите у вашей версии это словечко. Должно помочь.
Я так понял вы делаете из разных фигур одну целую, в то время как надо из простого куба сделать вырезы и выдавливания. Тот сплайн который выдавился призматической трубой скорее всего не замкнут по контуру или имеет дополнительные вершины без правильной геометрии. Возможно что выдавили не плоскость а ребра.Либо вы выдавили объект, затем удалили часть геометрии вместе с поверхностями. Сейчас сложно сказать что стало причиной. Покажу в комментарии на примере другой программы. У меня сейчас нет Автокада.
Нужно было на уровне сплайнов вычесть из исходной фигуры эллипс.
Сейчас можно вернуться и сделать хорошо, или выделить цилиндр (в случае, если он тоже выдавлен), вытянуть его по высоте и вычесть из готовой детали.
Но судя по скрину, отсутствие сквозного отверстия — не самый страшный косяк детали...