Потери только тогда, когда на материнской плате используешь разъём более старой версии, чем на видеокарте. И то, не всегда. В твоём же случае пропускная способность видяхи не будет (и не может) ограничиваться интерфейсом с ещё более высокой пропускной способностью.
Нет, не будет никакой потери производительности при использовании видеокарты GTX 1660 Super с поддержкой PCI Express 3.0 на материнской плате с поддержкой PCI Express 4.0. Если вы подключите видеокарту GTX 1660 Super (PCIe 3.0) к материнской плате с поддержкой PCIe 4.0, они будут работать вместе без каких-либо проблем и потери производительности. Материнская плата с PCIe 4.0 просто будет работать с видеокартой на предыдущей версии интерфейса.