Почему Якутия является частью Дальневосточного федерального округа, а не сибирского? Ведь географически Якутия - Сибирь?

Наверное, потому что так решили "наверху".

та кто выдумывал эти округа решили что представителям президента холодно будет в Якутии мёрзнуть.

Разные часовые пояса.