Будут ли списывать деньги при перевыпуске карты?

Если подписки привязаны к карте, то не будут, так как номер карты поменялся

Будут. Списывают, же со счета, а не с номера. Просто номер привязан к счету. При перевыпуске просто изменится номер карты, а списывать будут все равно со счета...
Так бы слишком просто было, приставы тебя зажoпили, а ты карту перевыпустил, и они не при делах. Так не бывает...
Проси людей, чтоб на их карту тебе перевели... И потом тебе отдали...

Не будут.

Подписки привязываются к реквизитам карты, а не счета.