Почему глагол "стоять" хоть и оканчивается на -ять, но 2 спряжения?

глагол "стоять" это исключение, поэтому и 2 спряжение

Потому что в "ять" не 2, а 3.

Потому что стоит, а не стоёт.
Вообще-то есть список исключений, но легче всего проверять именно так, если русский язык родной, конечно.

Это не исключение. Спряжение в русском языке определяется не по инфинитиву, а по гласной после корня при спряжении глагола. У 1-го спряжения е/у, в 2-ого - и/а(я). СтоИшь, стоИт, стоЯт и пр. - поэтому 2-е спряжение.

То, что в инфинитиве стоит Я, это связано с с тем, что ей предшествует гласная О, это другое правило.

Спряжение определяют по инфинитиву только если в инфинитиве безударное окончание.
В слове стоять - ударное окончание, по инфинитиву не определить, нужно спрягать: и смотреть, что за гласная после корня. В данном случае (стою, стоишь, стоит, стоим, стоите, стоят) - второе спряжение.