X360CE не видит подключенный геймпад PS3.

Он и не увидит. По умолчанию DS3 не работает с winsows. Для этого нужен отдельный драйвер (ScpToolkit, например). При этом драйвер автоматически эмулирует Xbox контроллер для 100% совместимости со всеми играми. По этому x360ce в этой цепочке на фиг не нужен.
x360ce нужен для дешёвых контроллеров без поддержки xinput.